Im Jahr 1985 wurde der Handballclub Naturns gegründet - der Gründungsvertrag wurde in der Naturnser Kegelstube aufgesetzt. Gleich im ersten Jahr beteiligte sich eine Mannschaft wenig erfolgreich an der Serie D, alle Spiele gingen damals verloren, bis zum letzten Meisterschaftsspiel in Sand in Taufers. Drei Jahre später wurde in gemeinsamer Absprache zwischen dem damaligen SSV Präsidenten Christanell Willi und der Vereinsleitung beschlossen, dass der H.C.Naturns als Sektion in den Sportverein Naturns eingegliedert wird. 1990/91 wurde erstmals auch eine Damenmannschaft aufgestellt, welche bis 1997 bestand. Seit 1998 wurde der Jugendbereich speziell gefördert, sodass die Sektion ihre Mitgliederzahl ständig erhöhen konnte.
Für die Handballsaison 2001/02 wurden erstmals vier Mannschaften zu den verschiedenen Meisterschaften gemeldet. Einen der größten sportlichen Erfolge feierte die Sektion Handball in der Saison 2003/04 als das U16 Team sowohl Landesmeister, als auch Regionalmeister werden konnte und das Land Südtirol bei der Italienmeisterschaft in Conversano vertrat. Zwei Jahre später, in der Saison 2005/06, wurde dasselbe Team in der U18-Regionalmeisterschaft zweiter hinter Pallamano Pressano und somit wiederum Landesmeister. Dadurch qualifizierte man sich erneut für die Italienmeisterschaft, welche in Fasano stattfand.
Im Rahmen der Freizeitmesse 2005 in Bozen fand das erste VSS Beach Handball Turnier statt. In einem spannenden Wettbewerb konnte sich zur großen Überraschung die Herren des SSV Naturns bis ins Finale kämpfen und dort den SSV Bozen bezwingen. Als erster Südtiroler Beach Handball Meister konnte man so Handballgeschichte schreiben.
Die U14 Buben gewannen die VSS Landesmeisterschaft 2008. Bei der Italienmeisterschaft im Jahr 2010 in Meran holten die in Naturns ausgebildeten Nischler Daniel und Slijepcevic Dragan mit dem ASC Algund den Italienmeistertitel in der Kategorie U16. In der Saison 2010/11 schafften fünf Naturnser Jungs (Nischler Daniel, Parth Andreas, Slijepcevic Dragan, Gruber Maximilian und Christanell Felix) mit der zweiten Mannschaft des SC Meran den Aufstieg von der Serie B in die Serie A2. In derselben Saison nahmen eben diese Spieler mit der U18 Mannschaft des SC Meran an der Italienmeisterschaft in Triest teil und eroberten den dritten Platz.
Im Verlaufe der Vereinsgeschichte erzielten einzelne Spieler der Sektion im Handballsport hervorragende Leistungen. So wurden zum Beispiel Pfeifer Michael 1989 bei den Landesmeisterschaften der Jugend zum besten Torhüter Südtirols gewählt. Christanell Martin war auf dem Sprung in die Serie-A; Platzgummer Stefan schaffte sogar den Sprung in das Juniorennationalteam. Aber auch in der jüngeren Vergangenheit gelang es einigen Spielern großes für den Sport Handball in Naturns zu erreichen: Heinz Stefan wurde 2006 zum besten Torhüter der U18 Landesmeisterschaft gewählt, Schupfer Stefan und Pichler Patrick schafften den Sprung in das Juniorennationalteam Italiens, auch Perkmann Philipp wurde für das Juniorennationalteam nominiert. Christanell Eugen (damals Eliteliga), Pichler Patrick (damals Eliteliga) und Christanell Felix (damals Serie A1) spielten jeweils bei der ersten Mannschaft in Meran, Heinz Manuel spielte sowohl in Merans (damals Eliteliga) als auch Bozens erster Mannschaft. Jahre später spielt Slijepcevic Dragan immer noch bei Meran in der ersten italienischen Handballliga, zählt dort zum Stamm der Mannschaft. Sulzer Mara schaffte es 2016 als einzige Spielerin des Jahrgangs 2002 in die U16 Auswahl und nahm mit der Regionalauswahl am Trofeo delle Aree in Misano Adriatico teil.
Auch in Naturns selbst hat sich wieder etwas entwickelt. Seit der Handballsaison 2013/14 spielt wieder eine Herrenmannschaft des SSV Naturns in der Serie B Meisterschaft mit. Seit einem Trainingscamp in Sulden und um dem Trend der Bundesligaklubs aus Deutschland zu folgen (Rhein Neckar Löwen, Füchse Berlin, THW Kiel = Zebras…) werden die Handballer aus Naturns als Yetis bezeichnet. Bereits in der ersten Saison holten sich die Yetis den dritten Platz, punktegleich mit dem zweiten und nur zwei Punkte hinter dem Meister aus Rovereto. Ein Jahr später holte man sich wieder den dritten Platz und wiederum punktegleich mit dem Zweitplatzierten.
Zu dieser Zeit nahmen auch erstmals wieder Mädchen an U12 und U14 Meisterschaften teil. Durch die geringe Nachfrage wechselten im Jahr 2016 gleich sechs Spielerinnen aus dieser Ära nach Algund um sich dort weiterzuentwickeln.
Dank der Zusammenarbeit zwischen dem SSV Naturns, dem ASC Algund und dem SC Meran wird diese Chance in Zukunft auch anderen Jugendspielern aus Naturns verstärkt eröffnet werden.
